O manuseio de resíduos é uma característica importante em projetos de microtunelamento e cravação de tubos. Para projetos de pequeno diâmetro, os resíduos ou entulhos da face de escavação são removidos em uma lama através de um tubo até a superfície ou podem ser simplesmente removidos através de uma rosca giratória de volta ao poço inicial. Em túneis de diâmetro maior, sistemas de esteira transportadora ou carros de entulho sobre trilhos podem ser utilizados. Os sistemas de escavação e remoção de entulho podem ter a capacidade de lidar com pedras de até um certo diâmetro, esmagando-as em fragmentos menores antes de entrarem no restante do sistema de remoção de entulho. Quando as pedras excedem aproximadamente um terço do diâmetro do microtunel, elas podem não ser capazes de entrar na câmara de esmagamento para um sistema de lama ou ser capazes de passar pela rosca em um sistema de rosca helicoidal.
Sistemas de lama misturam o solo e a rocha escavados em uma lama para bombeamento à superfície. Para tais sistemas, o material escavado deve ser separado da lama usando peneiras e hidrociclones antes do descarte.