直線の設計線を持つトンネルにおいて、マイクロトンネリングの標準的な誘導方法は、発進立坑に設置されたレーザービームと、マイクロトンネリング機の後方に配置された目標物の使用です。目標物は、レーザービームが当たることに反応する「アクティブ」な目標物であるか、カメラによって目標物上のレーザービームの位置が観測される「パッシブ」な目標物であるかのいずれかです。曲線のマイクロトンネリングでは、より高度なジャイロスコープシステムが使用される場合があります。これには、水平方向の位置合わせに北を探すジャイロコンパスと、垂直方向の位置合わせにリモート水位計システムが含まれます。トンネルの直径が大きくなるにつれて、曲線の位置合わせには自動目標物探索測角器が使用される他、手動測量も使用されることがあります。可能な場合、手動測量は定期的に自動システムのキャリブレーションや品質管理チェックに使用されます。
ガイダンスシステムから受け取った情報に基づいて、機械オペレーターは機械が進むにつれてステアリング修正を行うことができます。一般的には、ステアリングは、マイクロトンネリング機の前部と機械の残りの部分の間の一連のジャックの相対的な推力を調整することによって行われます。