El manejo de los desechos es una característica importante en los proyectos de microtunelización y empuje de tuberías. Para proyectos de diámetro pequeño, los desechos o escombros de la cara de excavación se eliminan en una lechada a través de una tubería hasta la superficie o simplemente se eliminan a través de un tornillo sin fin giratorio de vuelta al pozo de inicio. En túneles de diámetro más grande, se pueden utilizar sistemas de cintas transportadoras o carros de escombros sobre rieles. Los sistemas de excavación y eliminación de escombros pueden tener la capacidad de lidiar con rocas de hasta cierto diámetro al triturarlas en fragmentos más pequeños antes de que entren en el resto del sistema de eliminación de escombros. Cuando las rocas exceden aproximadamente un tercio del diámetro del microtúnel, es posible que no puedan ingresar ni a la cámara de trituración para un sistema de lechada ni pasar a través del tornillo sin fin en un sistema de tornillo sin fin.
Los sistemas de lodos mezclan el suelo y la roca excavados en una mezcla de lodo para bombearla a la superficie. Para dichos sistemas, el material excavado debe ser separado del lodo utilizando zarandas y hidrociclones antes de su eliminación.