Para los barrenos con una alineación recta, el método estándar de guía para la microtunelización es el uso de un rayo láser colocado en el pozo de inicio y un objetivo colocado hacia la parte trasera de la máquina de microtunelización. El objetivo puede ser un objetivo "activo" que responde a la luz láser que golpea el objetivo o un objetivo "pasivo" donde la posición del rayo láser en el objetivo es observada por una cámara. Para la microtunelización curva, se pueden utilizar sistemas giroscópicos más sofisticados, que implican un girocompás que busca el norte para rastrear la alineación horizontal y un sistema remoto de medición del nivel del agua para la alineación vertical. A medida que aumenta el diámetro del túnel, se pueden utilizar otras opciones que implican teodolitos de búsqueda de objetivos automatizados para el posicionamiento en alineaciones curvas y también se puede utilizar la medición manual. Cuando sea posible, la medición manual se utiliza periódicamente para la calibración o el control de calidad de los sistemas automatizados.
Basado en la información recibida del sistema de guía, el operador de la máquina puede hacer correcciones de dirección a medida que la máquina avanza. La dirección se logra principalmente ajustando las fuerzas relativas en un conjunto de gatos entre la parte delantera de la máquina de microtúnel y el resto de la máquina.