Für Bohrungen mit gerader Ausrichtung ist die Standardmethode zur Führung von Mikrotunneln die Verwendung eines Laserstrahls, der im Startschacht eingestellt ist, und eines Ziels, das sich am hinteren Ende der Mikrotunnelmaschine befindet. Das Ziel kann ein "aktives" Ziel sein, das auf das Laserlicht reagiert, das auf das Ziel trifft, oder ein "passives" Ziel, bei dem die Position des Laserstrahls auf dem Ziel von einer Kamera beobachtet wird. Für gekrümmte Mikrotunnel können auch anspruchsvollere gyroskopische Systeme verwendet werden - mit einem nordsuchenden Gyrokompass zur Verfolgung der horizontalen Ausrichtung und einem ferngesteuerten Wasserstandsmessgerät zur vertikalen Ausrichtung. Mit zunehmendem Durchmesser des Tunnels können auch andere Optionen wie automatisierte Zielsuch-Theodolite zur Positionierung in gekrümmten Ausrichtungen und manuelle Vermessung verwendet werden. Wo möglich, wird die manuelle Vermessung häufig zur Kalibrierung oder Qualitätskontrolle automatisierter Systeme verwendet.
Basierend auf den Informationen, die vom Leitsystem empfangen werden, kann der Maschinenbediener Lenkkorrekturen vornehmen, während die Maschine voranschreitet. Am häufigsten wird die Lenkung durch Anpassung der relativen Schubkräfte an einem Satz von Stützen zwischen dem vorderen Teil der Mikrotunnelbohrmaschine und dem Rest der Maschine erreicht.